上海高校比较语言学E-研究院，是上海市教委领导的科研创新计划之一。
      研究院的特点之一，是通过网络系统组织国内外比较语言学的著名学者，建设东亚比较语言学的研究基地。例如，首席研究员潘悟云教授，上海社联副主席，《中国语文》、《民族语文》、《语言研究》、《语言科学》编委，《东方语言学》主编，在汉语历史音韵学、汉语方言学、东亚语言比较、语料计算机处理等方面，在国内外享有很高的声誉。在特聘研究员中，陆丙甫，是新时期汉语语法研究的重要代表性学者之一，是目前国内类型学的领军人物。江荻，中国民族语言学会副会长，教育部民族语言标准化分技术委员会委员，《中文信息学报》编委，《民族语文》编委，曾获李方桂语言学奖、王力语言学奖和中国社会科学院部委优秀成果奖。吴福祥，中国社科院语言研究所研究员，是国内语法化研究的领军人物。蓝庆元是社科院民族学与人类学研究所的侗台语研究领导人。赵明鸣是社科院民族学与人类学研究所的突厥语研究领导人。张维佳在西北官话研究与地理语言学方面研究卓越，曾获王力语言学奖。张谊生，上海师大博导，在虚词与汉语语法研究方面在国内外卓有影响。
      研究院的特点之二，是研究的前沿性。在许多方面的研究领域处于国内外领先地位。
在东亚语言历史比较中，汉语上古音研究一直是核心内容，潘悟云教授的汉语上古音系统，被国际汉学界称作Zhengzhang-Pan System，它与欧美的Baxter-Sagart system，在国际上具有最大的影响力，对东亚地区语言的历史比较起着重要的推动作用。他的《汉语历史音韵学》出版以后，在国内立即引起轰动性的讨论。在国际上也立即引起反响，康奈尔大学亚洲研究系前主任梅祖麟在香港语言学年会上的中心报告指出此书代表了中国音韵学的主流。欧洲最大的汉语史国际研究项目Thesaurus Linguae Sericae决定采用这个系统，并邀请潘悟云于2003年4月与2005年1-3月两次到欧洲进行宣讲。
      在他的发起下，先后在上海举办了多次非常有影响的国际研讨会。2005年12月与美国密西根大学、法国社会科学高级研究院、复旦大学联合举办上古汉语构拟国际研讨会（International Symposium on Old Chinese Reconstruction），参加会议的代表来自中国、美国、加拿大、法国、荷兰、俄罗斯、德国、韩国、泰国以及中国的大陆、台湾、香港地区的音韵学、古文字学、形态学、文献学、民族语言学、民族学、人类学、考古学、遗传学、历史学等方面的专家。会议的内容涉及上古汉语的语音、形态、方言、古文字，以及与上古汉语相关的东亚地区其他语言。此外，遗传学家介绍了通过遗传结构研究东亚人群来源与传播的最新进展，考古学家与人类学家也各自介绍了他们在探讨东亚地区文明起源与传播方面的成果。2006年12月在上海举办了东亚语言比较国际学术研讨会，参加人员分别来自中国、美国、法国、俄国、日本、韩国、澳大利亚、越南、马来西亚等国家和中国的香港、台湾地区，就东亚地区语言的现状与历史，展开了充分的讨论。2008年1月12-13日国内外各个领域的知名学者在上海师大举行了“语言研究视野的拓展”国际研讨会，涉及到语言心理学，语音实验，文献的计算机处理，手势语，嗓音，，历史音变，儿童语言习得，语言认知，语言文体，语言接触，语言体系的重整，原始语言的构拟，通过各个学科的互相交流，促使语言研究的领域多元化。
      汉语的历史层次研究，是近年来汉语研究的另一个热点，潘悟云教授是这个领域研究的中心人物之一，他提出的汉语形成新史观、有关历史层次的理论与方法对汉语史的研究产生重大影响。在他的推动下，举办了三次历史层次研讨会。现在，每年国家社科项目中，历史层次都是作为重点项目立项。各个高校的方言学博士论文中，历史层次已经成为最热门的题目。所有这些，都与这些研讨会的推动不无关系。
      汉语的功能认知与类型学研究，正在成为中国句法研究的主线。陆丙甫教授80年代语法分析方法的大讨论中，吸收层次法和成分分析法两者优点，新创主干成分板块分析法，异军突起，自成一家，第一个在汉语学界提出要追求语法研究的心理现实性，充当了汉语语法的认知和心理研究的先驱。负笈美国期间，得到国际类型学大师Comerie的指导，率先在国内翻译介绍当代语言学的重要学派语言学类型学，提倡汉语研究与语言共性研究的结合，发现汉语语法规律中蕴藏的人类共同的功能和认知动因，作为汉语语法研究现代化的一个重要先行者，有力地推动汉语语法研究的科学化和现代化。
      语法化研究是近年来中国语言学的另一个热点。特聘研究员吴福祥是国内最早从事语法化研究的学者之一。近五年来他发起并主持召开了三届汉语语法化问题国际学术研讨会，主编了三本汉语语法化研究的论文集。他与另一位特聘研究员张谊生，为语法化理论的发展，作出不可忽视的贡献。
研究院的特点之三，是跨学科、跨语言、跨地区的研究。
（1）与计算机科学的结合。
      本研究充分利用计算机作为比较工具。潘悟云教授是我国最早把计算机用于语言比较的学者，他承担的国家重点课题“汉语方言计算机处理系统”最近经国家评诂获优秀等级，从去年推出以后，已经拥一百多个用户，为许多高校与学者用于汉语方言的历史比较、历史层次分析以及民族语与汉语关系词的比较研究。我们设计的计算机辅助建库系统已经进入应用，国际音标字体与输入法，不仅在国内占据最大的使用份量，并且在香港、台湾、日本广泛使用。江荻教授是中国民族语言自然语言处理研究工作的重要人员，设计并开发“中国少数民族语言研究文摘数据库系统”，大规模“汉藏语同源词计算机检索系统”，等多项应用项目。
（2）与分子人类学的结合。
      1997年，金力教授等一批中国学者，通过遗传结构研究现代人的起源与迁徙过程，提出东亚人群来自非洲，并提出东亚各民族的形成历史与迁徙路线。90年代初，潘悟云教授通过东亚语言的历史比较提出东语言同源的假说，认为汉、藏缅、侗台、苗瑶、南亚、南岛都有发生学上的关系。两个学科通过不同的途径得出东亚人群分化的树形图与东亚语言分化的树形图是如此地吻合。这几年他们一直紧密合作，通过各自的学科共同探讨东亚的文明起源。2002年复旦大学成立现代人类学研究中心，聘潘悟云教授为该中心的语言学顾问。研究院在东亚语言的关系与分类研究方面，一直以分子人类学的最新研究作为重要的参考依据。
（3）与地理信息系统（GIS）的结合。
      研究院已经成功地在计算机上实现了大规模方言的特征比较，把比较结果与地理信息系统相连接。研究院正在把这个研究成果应用于历史比较与类型比较。一方面，利用比较结果绘制语言地图；另一方面，利用语言地图使语言特征可视化，使之成为一种新的语言研究工具。
（4）跨语言的比较。
      比较语言学的核心内容是历史比较与类型比较，其基本特点就是跨语言的大规模比较，所研究的语种涉及到汉语的各大方言，以及藏缅语、侗台语、苗瑶语、南亚语、南岛语、阿尔泰语、朝鲜语、日本语。
（5）跨地区的合作。
      参加研究院工作或者与研究院的研究有合作关系的单位有：社科院民族学与人类学研究所、社科院语言研究所、复旦大学、上海大学、上海外国语大学、南开大学、浙江大学、苏州大学、云南民族大学、广西民族大学、广西大学、厦门大学、暨南大学、深圳大学、海南大学、北京语言大学、南昌大学、香港科技大学、美国哈佛大学、威斯康辛大学、麻省州立大学、新加坡国立大学、法国高级社会科学院、挪威奥斯陆大学。
研究特点之四，是大规模的语言数据库。
      研究院的工作步骤是通过对东亚语言的大规模比较，发现语言的普遍现象，归纳语言的普遍规则，对语言普遍现象与规则作出解释，在此基础上建立普遍理论。所以，整个工作的起点就是建立大规模的语言数据库。早在2001年，大陆、香港、台湾以及美国的语言学家聚会香港科技大学，决定建立“21世纪中国语言与方言数据库”，潘悟云教授是发起人，并担任大陆语区的召集人。经过几年的建设已经有相当的规模。E-研究院成立以后，研究院即与各高校、研究单位合作，着手建立中国语言资源联盟，准备在近几年内建立1000个方言数据库，200个民族语数据库。整个工作的特点，一是与各地院校充分合作，一是充分利用计算机技术，加快建库过程，提高建库质量。
最近，国家语委拟于新世纪开展中国语言普查工作，建立大规模的语言数据库，由潘悟云教授负责总体方案论证。为了协助普查工作的开展，E-研究院已经研发成功机助田野调查与建库系统，不只能够协助普查工作的高质量、高效率、低成本地进行，而且将会改写我国语言研究的格局。